$\mathrm{dG\_C1o}-1\mathrm{RT}\ln \left(\frac{\mathrm{H\_x}}{1E-7}\right)$ $\mathrm{dG\_C3o}+2\mathrm{RT}\ln \left(\frac{\mathrm{H\_x}}{1E-7}\right)$ $\mathrm{dG\_C4o}-2\mathrm{RT}\ln \left(\frac{\mathrm{H\_x}}{1E-7}\right)$ $F\mathrm{deltaPsi}+\mathrm{RT}\ln \left(\frac{\mathrm{H\_i}}{\mathrm{H\_x}}\right)$ $110^{-6.75}$ $110^{-6.48}$ $110^{-6.29}$ $0.664\times 1.09$ $0.807\times 1.044$ $0.9\mathrm{W\_m}$ $0.1\mathrm{W\_m}$ $\frac{\mathrm{V\_mito}}{\mathrm{V\_cyto}}$ $\mathrm{V\_mito}$ $\mathrm{V\_cyto}$ $110^{-\mathrm{pH\_C}}$ $\mathrm{H\_c}$ $\mathrm{K\_c}$ $\mathrm{NAD\_tot}-\mathrm{NADH\_x}$ $\mathrm{Q\_tot}-\mathrm{Q\_x}$ $\mathrm{C\_tot}-\mathrm{Cox\_x}$ $\mathrm{ATP\_x}-\mathrm{ATP\_mx}$ $\mathrm{ADP\_x}-\mathrm{ADP\_mx}$ $\frac{\frac{-1}{2.303}\mathrm{x\_buff}(\mathrm{J\_DH}-5\mathrm{J\_C1}-2\mathrm{J\_C3}-4\mathrm{J\_C4}-\mathrm{n\_A}\mathrm{J\_F1}+2\mathrm{J\_PI1}-\mathrm{J\_KH}+\mathrm{J\_Hle})}{\mathrm{W\_x}}$ $110^{-\mathrm{pH\_x}}$ $\frac{\mathrm{J\_KH}+\mathrm{J\_K}}{\mathrm{W\_x}}$ $\frac{-\mathrm{J\_MgADP\_x}-\mathrm{J\_MgATP\_x}}{\mathrm{W\_x}}$ $\frac{\mathrm{J\_DH}-\mathrm{J\_C1}}{\mathrm{W\_x}}$ $\frac{-(\mathrm{J\_C1}-\mathrm{J\_C3})}{\mathrm{W\_x}}$ $\frac{-(2\mathrm{J\_C3}-2\mathrm{J\_C4})}{\mathrm{W\_x}}$ $\frac{\mathrm{J\_F1}-\mathrm{J\_ANT}}{\mathrm{W\_x}}$ $\frac{-\mathrm{J\_F1}+\mathrm{J\_ANT}}{\mathrm{W\_x}}$ $\frac{\mathrm{J\_MgATP\_x}}{\mathrm{W\_x}}$ $\frac{\mathrm{J\_MgADP\_x}}{\mathrm{W\_x}}$ $\frac{-\mathrm{J\_F1}+\mathrm{J\_PI1}}{\mathrm{W\_x}}$ $\mathrm{ATP\_i}-\mathrm{ATP\_mi}$ $\mathrm{ADP\_i}-\mathrm{ADP\_mi}$ $\frac{\mathrm{J\_ATP}+\mathrm{J\_ANT}+\mathrm{J\_AKi}}{\mathrm{W\_i}}$ $\frac{\mathrm{J\_ADP}-\mathrm{J\_ANT}-2\mathrm{J\_AKi}}{\mathrm{W\_i}}$ $\frac{\mathrm{J\_AMP}+\mathrm{J\_AKi}}{\mathrm{W\_i}}$ $\frac{\mathrm{J\_MgATP\_i}}{\mathrm{W\_i}}$ $\frac{\mathrm{J\_MgADP\_i}}{\mathrm{W\_i}}$ $\frac{-\mathrm{J\_PI1}+\mathrm{J\_PI2}}{\mathrm{W\_i}}$ $\frac{-\mathrm{J\_MgADP\_i}-\mathrm{J\_MgATP\_i}}{\mathrm{W\_i}}$ $\frac{\mathrm{Rm\_cyto}\mathrm{J\_ATP}+\mathrm{J\_AKc}-\frac{\mathrm{J\_AtC}}{\mathrm{Rc\_cell}}+\mathrm{J\_CKc}}{\mathrm{W\_c}}$ $\frac{-\mathrm{Rm\_cyto}\mathrm{J\_ADP}-2\mathrm{J\_AKc}+\frac{\mathrm{J\_AtC}}{\mathrm{Rc\_cell}}-\mathrm{J\_CKc}}{\mathrm{W\_c}}$ $\frac{\mathrm{Rm\_cyto}\mathrm{J\_AMP}+\mathrm{J\_AKc}}{\mathrm{W\_c}}$ $\frac{\mathrm{J\_MgATP\_c}}{\mathrm{W\_c}}$ $\frac{\mathrm{J\_MgADP\_c}}{\mathrm{W\_c}}$ $\frac{\mathrm{J\_PI2}\mathrm{Rm\_cyto}+\frac{\mathrm{J\_AtC}}{\mathrm{Rc\_cell}}}{\mathrm{W\_c}}$ $\frac{-\mathrm{J\_MgATP\_c}-\mathrm{J\_MgADP\_c}}{\mathrm{W\_c}}$ $\frac{-\mathrm{J\_CKc}}{\mathrm{W\_c}}$ $\mathrm{ATP\_c}-\mathrm{ATP\_mc}$ $\mathrm{ADP\_c}-\mathrm{ADP\_mc}$ $\mathrm{CR\_tot}-\mathrm{PCr\_c}$ $\frac{4\mathrm{J\_C1}+2\mathrm{J\_C3}+4\mathrm{J\_C4}-\mathrm{n\_A}\mathrm{J\_F1}-\mathrm{J\_ANT}-\mathrm{J\_Hle}-\mathrm{J\_K}}{\mathrm{C\_IM}}$ $\frac{\mathrm{X\_DH}(r\mathrm{NAD\_x}-\mathrm{NADH\_x})(1+\frac{\mathrm{PI\_x}}{\mathrm{k\_PI1}})}{1+\frac{\mathrm{PI\_x}}{\mathrm{k\_PI2}}}$ $\mathrm{X\_C1}(e^{\frac{-(\mathrm{dG\_C1op}+4\mathrm{dG\_H})}{\mathrm{RT}}}\mathrm{NADH\_x}\mathrm{Q\_x}-\mathrm{NAD\_x}\mathrm{QH2\_x})$ $\frac{\mathrm{X\_C3}(1+\frac{\mathrm{PI\_x}}{\mathrm{k\_PI3}})}{1+\frac{\mathrm{PI\_x}}{\mathrm{k\_PI4}}}(e^{\frac{-(\mathrm{dG\_C3op}+4\mathrm{dG\_H}-2F\mathrm{deltaPsi})}{2\mathrm{RT}}}\mathrm{Cox\_x}\sqrt{\mathrm{QH2\_x}}-\mathrm{Cred\_x}\sqrt{\mathrm{Q\_x}})$ $\begin{cases}0 & \text{if $\mathrm{O2\_x}< 1E-12$}\\ \frac{\mathrm{X\_C4}\mathrm{O2\_x}}{\mathrm{O2\_x}+\mathrm{k\_O2}}\frac{\mathrm{Cred\_x}}{\mathrm{C\_tot}}(e^{\frac{-(\mathrm{dG\_C4op}+2\mathrm{dG\_H})}{2\mathrm{RT}}}\mathrm{Cred\_x}\left(\frac{\mathrm{O2\_x}}{1}\right)^{0.25}-\mathrm{Cox\_x}e^{\frac{F\mathrm{deltaPsi}}{\mathrm{RT}}}) & \text{otherwise}\end{cases}$ $\mathrm{X\_F1}(\frac{e^{\frac{-(\mathrm{dG\_F1o}-\mathrm{n\_A}\mathrm{dG\_H})}{\mathrm{RT}}}\mathrm{K\_DD}}{\mathrm{K\_DT}}\mathrm{ADP\_mx}\mathrm{PI\_x}-\mathrm{ATP\_mx}\times 1)$ $\begin{cases}\mathrm{X\_ANT}(\frac{\mathrm{ADP\_fi}}{\mathrm{ADP\_fi}+\mathrm{ATP\_fi}e^{\frac{-F\mathrm{Psi\_i}}{\mathrm{RT}}}}-\frac{\mathrm{ADP\_fx}}{\mathrm{ADP\_fx}+\mathrm{ATP\_fx}e^{\frac{-F\mathrm{Psi\_x}}{\mathrm{RT}}}})\frac{\mathrm{ADP\_fi}}{\mathrm{ADP\_fi}+\mathrm{k\_mADP}} & \text{if $(\mathrm{ADP\_fi}> \mathrm{mincon})\lor (\mathrm{ATP\_fi}> \mathrm{mincon})$}\\ 0 & \text{otherwise}\end{cases}$ $-0.65\mathrm{deltaPsi}$ $0.35\mathrm{deltaPsi}$ $\frac{\mathrm{X\_PI1}(\mathrm{H\_i}\mathrm{H2PIi}-\mathrm{H\_x}\mathrm{H2PIx})}{\mathrm{H2PIi}+\mathrm{k\_PIH}}$ $\frac{\mathrm{PI\_i}\mathrm{H\_i}}{\mathrm{H\_i}+\mathrm{k\_dHPI}}$ $\frac{\mathrm{PI\_x}\mathrm{H\_x}}{\mathrm{H\_x}+\mathrm{k\_dHPI}}$ $\begin{cases}\frac{\mathrm{X\_Hle}\mathrm{deltaPsi}(\mathrm{H\_i}e^{\frac{F\mathrm{deltaPsi}}{\mathrm{RT}}}-\mathrm{H\_x})}{e^{\frac{F\mathrm{deltaPsi}}{\mathrm{RT}}}-1} & \text{if $\left|\mathrm{deltaPsi}\right|> \mathrm{mincond}$}\\ \frac{\mathrm{X\_Hle}\mathrm{RT}(\mathrm{H\_i}-\mathrm{H\_x})}{F} & \text{otherwise}\end{cases}$ $\mathrm{X\_KH}(\mathrm{K\_i}\mathrm{H\_x}-\mathrm{K\_x}\mathrm{H\_i})$ $\begin{cases}\frac{\mathrm{X\_K}\mathrm{deltaPsi}(\mathrm{K\_i}e^{\frac{F\mathrm{deltaPsi}}{\mathrm{RT}}}-\mathrm{K\_x})}{e^{\frac{F\mathrm{deltaPsi}}{\mathrm{RT}}}-1} & \text{if $\left|\mathrm{deltaPsi}\right|> \mathrm{mincond}$}\\ \frac{\mathrm{X\_K}\mathrm{RT}(\mathrm{K\_i}-\mathrm{K\_x})}{F} & \text{otherwise}\end{cases}$ $\mathrm{gamma}\mathrm{X\_A}(\mathrm{AMP\_c}-\mathrm{AMP\_i})$ $\mathrm{gamma}\mathrm{X\_A}(\mathrm{ADP\_c}-\mathrm{ADP\_i})$ $\mathrm{gamma}\mathrm{X\_A}(\mathrm{ATP\_c}-\mathrm{ATP\_i})$ $\mathrm{gamma}\mathrm{X\_PI2}(\mathrm{PI\_c}-\mathrm{PI\_i})$ $\mathrm{X\_MgA}(\mathrm{ATP\_fx}\mathrm{Mg\_x}-\mathrm{K\_DT}\mathrm{ATP\_mx})$ $\mathrm{X\_MgA}(\mathrm{ADP\_fx}\mathrm{Mg\_x}-\mathrm{K\_DD}\mathrm{ADP\_mx})$ $\mathrm{X\_MgA}(\mathrm{ATP\_fi}\mathrm{Mg\_i}-\mathrm{K\_DT}\mathrm{ATP\_mi})$ $\mathrm{X\_MgA}(\mathrm{ADP\_fi}\mathrm{Mg\_i}-\mathrm{K\_DD}\mathrm{ADP\_mi})$ $\mathrm{X\_MgA}\times 1(\mathrm{ATP\_fc}\mathrm{Mg\_c}-\mathrm{K\_DT}\mathrm{ATP\_mc})$ $\mathrm{X\_MgA}\times 1(\mathrm{ADP\_fc}\mathrm{Mg\_c}-\mathrm{K\_DD}\mathrm{ADP\_mc})$ $\mathrm{X\_AK}(\mathrm{K\_AK}\mathrm{ADP\_i}\mathrm{ADP\_i}-\mathrm{AMP\_i}\mathrm{ATP\_i})$ $\mathrm{X\_AK}\times 1(\mathrm{K\_AK}\mathrm{ADP\_c}\mathrm{ADP\_c}-\mathrm{AMP\_c}\mathrm{ATP\_c})$ $\mathrm{X\_AtC}$ $\mathrm{X\_CK}\times 1(\mathrm{K\_CK}\mathrm{ADP\_c}\mathrm{PCr\_c}\mathrm{H\_c}-\mathrm{ATP\_c}\mathrm{Cr\_c})$