//Created by libAntimony v2.4 model Proximal_Tubule_NHE3__environment(time_) // Variable initializations: time_ = ; end model Proximal_Tubule_NHE3__Concentrations(C_ext_Na, C_ext_H, C_ext_NH4, C_int_Na, C_int_H, C_int_NH4, time_) // Assignment Rules: C_int_H := 1E3 * power(10, - pH_int); // Rate Rules: pH_int' = 5; // Variable initializations: C_ext_Na = 1; C_ext_H = 5.4954e-5; C_ext_NH4 = 0; C_int_Na = 0; C_int_NH4 = 0; time_ = ; pH_int = 4; end model Proximal_Tubule_NHE3__NHE3_Parameters(XTxP0_NHE3_Na, XTxP0_NHE3_H, XTxP0_NHE3_NH4, K_NHE3_Na, K_NHE3_H, K_NHE3_NH4) // Variable initializations: XTxP0_NHE3_Na = 1.6e-3; XTxP0_NHE3_H = 0.48e-3; XTxP0_NHE3_NH4 = 1.6e-3; K_NHE3_Na = 30; K_NHE3_H = 72e-6; K_NHE3_NH4 = 0.027e3; end model Proximal_Tubule_NHE3__NHE3(C_ext_Na, C_ext_H, C_ext_NH4, C_int_Na, C_int_H, C_int_NH4, XTxP0_NHE3_Na, XTxP0_NHE3_H, XTxP0_NHE3_NH4, K_NHE3_Na, K_NHE3_H, K_NHE3_NH4, J_NHE3_Na, J_NHE3_H, J_NHE3_NH4, J_NHE3_Na2, J_NHE3_H2, J_NHE3_NH42) // Assignment Rules: XTxP_NHE3_Na := (XTxP0_NHE3_Na * 2 * C_int_H) / (C_int_H + 1E-3); XTxP_NHE3_H := (XTxP0_NHE3_H * 2 * C_int_H) / (C_int_H + 1E-3); XTxP_NHE3_NH4 := (XTxP0_NHE3_NH4 * 2 * C_int_H) / (C_int_H + 1E-3); alpha_ext_Na := C_ext_Na / K_NHE3_Na; beta_ext_H := C_ext_H / K_NHE3_H; gamma_ext_NH4 := C_ext_NH4 / K_NHE3_NH4; alpha_int_Na := C_int_Na / K_NHE3_Na; beta_int_H := C_int_H / K_NHE3_H; gamma_int_NH4 := C_int_NH4 / K_NHE3_NH4; sum_NHE3 := (1 + alpha_ext_Na + beta_ext_H + gamma_ext_NH4) * (XTxP_NHE3_Na * alpha_int_Na + XTxP_NHE3_H * beta_int_H + XTxP_NHE3_NH4 * gamma_int_NH4) + (1 + alpha_int_Na + beta_int_H + gamma_int_NH4) * (XTxP_NHE3_Na * alpha_ext_Na + XTxP_NHE3_H * beta_ext_H + XTxP_NHE3_NH4 * gamma_ext_NH4); J_NHE3_Na := ((XTxP_NHE3_Na * XTxP_NHE3_H) / sum_NHE3) * (alpha_ext_Na * beta_int_H - alpha_int_Na * beta_ext_H) + ((XTxP_NHE3_Na * XTxP_NHE3_NH4) / sum_NHE3) * (alpha_ext_Na * gamma_int_NH4 - alpha_int_Na * gamma_ext_NH4); J_NHE3_H := ((XTxP_NHE3_Na * XTxP_NHE3_H) / sum_NHE3) * (alpha_int_Na * beta_ext_H - alpha_ext_Na * beta_int_H) + ((XTxP_NHE3_H * XTxP_NHE3_NH4) / sum_NHE3) * (beta_ext_H * gamma_int_NH4 - beta_int_H * gamma_ext_NH4); J_NHE3_NH4 := ((XTxP_NHE3_Na * XTxP_NHE3_NH4) / sum_NHE3) * (alpha_int_Na * gamma_ext_NH4 - alpha_ext_Na * gamma_int_NH4) + ((XTxP_NHE3_H * XTxP_NHE3_NH4) / sum_NHE3) * (gamma_ext_NH4 * beta_int_H - beta_ext_H * gamma_int_NH4); J_NHE3_Na_Max := (XTxP0_NHE3_Na * XTxP0_NHE3_H) / (XTxP0_NHE3_Na + XTxP0_NHE3_H); plot := J_NHE3_Na / J_NHE3_Na_Max; J_NHE3_Na2 := ((XTxP0_NHE3_Na * XTxP0_NHE3_H) / sum0_NHE3) * (alpha_ext_Na * beta_int_H - alpha_int_Na * beta_ext_H) + ((XTxP0_NHE3_Na * XTxP0_NHE3_NH4) / sum_NHE3) * (alpha_ext_Na * gamma_int_NH4 - alpha_int_Na * gamma_ext_NH4); J_NHE3_H2 := ((XTxP0_NHE3_Na * XTxP0_NHE3_H) / sum0_NHE3) * (alpha_int_Na * beta_ext_H - alpha_ext_Na * beta_int_H) + ((XTxP0_NHE3_H * XTxP0_NHE3_NH4) / sum_NHE3) * (beta_ext_H * gamma_int_NH4 - beta_int_H * gamma_ext_NH4); J_NHE3_NH42 := ((XTxP0_NHE3_Na * XTxP0_NHE3_NH4) / sum0_NHE3) * (alpha_int_Na * gamma_ext_NH4 - alpha_ext_Na * gamma_int_NH4) + ((XTxP0_NHE3_H * XTxP0_NHE3_NH4) / sum_NHE3) * (gamma_ext_NH4 * beta_int_H - beta_ext_H * gamma_int_NH4); sum0_NHE3 := (1 + alpha_ext_Na + beta_ext_H + gamma_ext_NH4) * (XTxP0_NHE3_Na * alpha_int_Na + XTxP0_NHE3_H * beta_int_H + XTxP0_NHE3_NH4 * gamma_int_NH4) + (1 + alpha_int_Na + beta_int_H + gamma_int_NH4) * (XTxP0_NHE3_Na * alpha_ext_Na + XTxP0_NHE3_H * beta_ext_H + XTxP0_NHE3_NH4 * gamma_ext_NH4); plot2 := J_NHE3_Na2 / J_NHE3_Na_Max; // Variable initializations: C_ext_Na = ; C_ext_H = ; C_ext_NH4 = ; C_int_Na = ; C_int_H = ; C_int_NH4 = ; XTxP0_NHE3_Na = ; XTxP0_NHE3_H = ; XTxP0_NHE3_NH4 = ; K_NHE3_Na = ; K_NHE3_H = ; K_NHE3_NH4 = ; end model *Proximal_Tubule_NHE3____main() // Sub-modules, and any changes to those submodules: environment: Proximal_Tubule_NHE3__environment(time_); Concentrations: Proximal_Tubule_NHE3__Concentrations(C_ext_Na, C_ext_H, C_ext_NH4, C_int_Na, C_int_H, C_int_NH4, time_); NHE3_Parameters: Proximal_Tubule_NHE3__NHE3_Parameters(XTxP0_NHE3_Na, XTxP0_NHE3_H, XTxP0_NHE3_NH4, K_NHE3_Na, K_NHE3_H, K_NHE3_NH4); NHE3: Proximal_Tubule_NHE3__NHE3(C_ext_Na, C_ext_H, C_ext_NH4, C_int_Na, C_int_H, C_int_NH4, XTxP0_NHE3_Na, XTxP0_NHE3_H, XTxP0_NHE3_NH4, K_NHE3_Na, K_NHE3_H, K_NHE3_NH4, J_NHE3_Na, J_NHE3_H, J_NHE3_NH4, J_NHE3_Na2, J_NHE3_H2, J_NHE3_NH42); end