//Created by libAntimony v2.4 model huang_ferrell_1996_version03__environment(time_) // Variable initializations: time_ = ; end model huang_ferrell_1996_version03__total_concs(mostot, e1tot, e2tot, mektot, mekpasetot, mapktot, mapkpasetot) // Variable initializations: mostot = 0.003; e1tot = 0.0003; e2tot = 0.0003; mektot = 1.2; mekpasetot = 0.0003; mapktot = 1.2; mapkpasetot = 0.12; end model huang_ferrell_1996_version03__rate_constants(a1, a2, a3, a4, a5, a6, a7, a8, a9, a10, d1, d2, d3, d4, d5, d6, d7, d8, d9, d10, k1, k2, k3, k4, k5, k6, k7, k8, k9, k10) // Variable initializations: a1 = 1000; a2 = 1000; a3 = 1000; a4 = 1000; a5 = 1000; a6 = 1000; a7 = 1000; a8 = 1000; a9 = 1000; a10 = 1000; d1 = 150; d2 = 150; d3 = 150; d4 = 150; d5 = 150; d6 = 150; d7 = 150; d8 = 150; d9 = 150; d10 = 150; k1 = 150; k2 = 150; k3 = 150; k4 = 150; k5 = 150; k6 = 150; k7 = 150; k8 = 150; k9 = 150; k10 = 150; end model huang_ferrell_1996_version03__mos(time_, mos, mostot, a1, mosstar, mose1, mosstare2, mekstarmosstar, e1tot, d1, k2, mekmosstar) // Rate Rules: mos' = - a1 * (((((mostot - mosstar) - mose1) - mosstare2) - mekmosstar) - mekstarmosstar) * (e1tot - mose1) + d1 * mose1 + k2 * mosstare2; // Variable initializations: time_ = ; mos = 0.003; mostot = ; a1 = ; mosstar = ; mose1 = ; mosstare2 = ; mekstarmosstar = ; e1tot = ; d1 = ; k2 = ; mekmosstar = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mose1(time_, mose1, a1, mostot, mosstar, mosstare2, mekmosstar, mekstarmosstar, e1tot, d1, k1) // Rate Rules: mose1' = a1 * (((((mostot - mosstar) - mose1) - mosstare2) - mekmosstar) - mekstarmosstar) * (e1tot - mose1) - (d1 + k1) * mose1; // Variable initializations: time_ = ; mose1 = 0; a1 = ; mostot = ; mosstar = ; mosstare2 = ; mekmosstar = ; mekstarmosstar = ; e1tot = ; d1 = ; k1 = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mosstar(time_, mosstar, a2, e2tot, mosstare2, d2, k1, mose1, k3, d3, mekmosstar, a3, mektot, mekstar, mekstarstar, mekstarmekpase, mekstarstarmekpase, mekstarmosstar, mapkmekstarstar, mapkstarmekstarstar, k5, d5, a5) // Rate Rules: mosstar' = (((- a2 * mosstar * (e2tot - mosstare2) + d2 * mosstare2 + k1 * mose1 + (k3 + d3) * mekmosstar) - a3 * mosstar * ((((((((mektot - mekstar) - mekstarstar) - mekstarmekpase) - mekstarstarmekpase) - mekmosstar) - mekstarmosstar) - mapkmekstarstar) - mapkstarmekstarstar)) + (k5 + d5) * mekstarmosstar) - a5 * mekstar * mosstar; // Variable initializations: time_ = ; mosstar = 0; a2 = ; e2tot = ; mosstare2 = ; d2 = ; k1 = ; mose1 = ; k3 = ; d3 = ; mekmosstar = ; a3 = ; mektot = ; mekstar = ; mekstarstar = ; mekstarmekpase = ; mekstarstarmekpase = ; mekstarmosstar = ; mapkmekstarstar = ; mapkstarmekstarstar = ; k5 = ; d5 = ; a5 = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mosstare2(time_, mosstare2, a2, mosstar, e2tot, d2, k2) // Rate Rules: mosstare2' = a2 * mosstar * (e2tot - mosstare2) - (d2 + k2) * mosstare2; // Variable initializations: time_ = ; mosstare2 = 0; a2 = ; mosstar = ; e2tot = ; d2 = ; k2 = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mek(time_, mek, a3, mektot, mekstar, mekstarstar, mapkstarmekstarstar, mekstarstarmekpase, mekmosstar, mekstarmosstar, mapkmekstarstar, mosstar, d3, k4, mekstarmekpase) // Rate Rules: mek' = - a3 * ((((((((mektot - mekstar) - mekstarstar) - mekstarmekpase) - mekstarstarmekpase) - mekmosstar) - mekstarmosstar) - mapkmekstarstar) - mapkstarmekstarstar) * mosstar + d3 * mekmosstar + k4 * mekstarmekpase; // Variable initializations: time_ = ; mek = 1.2; a3 = ; mektot = ; mekstar = ; mekstarstar = ; mapkstarmekstarstar = ; mekstarstarmekpase = ; mekmosstar = ; mekstarmosstar = ; mapkmekstarstar = ; mosstar = ; d3 = ; k4 = ; mekstarmekpase = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mekmosstar(time_, mekmosstar, a3, mektot, mekstar, mekstarstar, mekstarmekpase, mekstarstarmekpase, mekstarmosstar, mapkmekstarstar, mapkstarmekstarstar, mosstar, d3, k3) // Rate Rules: mekmosstar' = a3 * ((((((((mektot - mekstar) - mekstarstar) - mekstarmekpase) - mekstarstarmekpase) - mekmosstar) - mekstarmosstar) - mapkmekstarstar) - mapkstarmekstarstar) * mosstar - (d3 + k3) * mekmosstar; // Variable initializations: time_ = ; mekmosstar = 0; a3 = ; mektot = ; mekstar = ; mekstarstar = ; mekstarmekpase = ; mekstarstarmekpase = ; mekstarmosstar = ; mapkmekstarstar = ; mapkstarmekstarstar = ; mosstar = ; d3 = ; k3 = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mekstar(time_, mekstar, a4, mekpasetot, mekstarmekpase, mekstarstarmekpase, d4, k3, mekmosstar, k6, d5, mekstarmosstar, a5, mosstar) // Rate Rules: mekstar' = (- a4 * mekstar * ((mekpasetot - mekstarmekpase) - mekstarstarmekpase) + d4 * mekstarmekpase + k3 * mekmosstar + k6 * mekstarstarmekpase + d5 * mekstarmosstar) - a5 * mekstar * mosstar; // Variable initializations: time_ = ; mekstar = 0; a4 = ; mekpasetot = ; mekstarmekpase = ; mekstarstarmekpase = ; d4 = ; k3 = ; mekmosstar = ; k6 = ; d5 = ; mekstarmosstar = ; a5 = ; mosstar = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mekstarmekpase(mekstarmekpase, time_, a4, d4, k4, mekstar, mekpasetot, mekstarstarmekpase) // Rate Rules: mekstarmekpase' = a4 * mekstar * ((mekpasetot - mekstarmekpase) - mekstarstarmekpase) - (d4 + k4) * mekstarmekpase; // Variable initializations: mekstarmekpase = 0; time_ = ; a4 = ; d4 = ; k4 = ; mekstar = ; mekpasetot = ; mekstarstarmekpase = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mekstarmosstar(time_, mekstarmosstar, a5, d5, k5, mekstar, mosstar) // Rate Rules: mekstarmosstar' = a5 * mekstar * mosstar - (d5 + k5) * mekstarmosstar; // Variable initializations: time_ = ; mekstarmosstar = 0; a5 = ; d5 = ; k5 = ; mekstar = ; mosstar = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mekstarstar(time_, mekstarstar, k5, mekstarmosstar, a6, mekpasetot, mekstarmekpase, d6, mekstarstarmekpase, a7, mapktot, mapkstar, mapkstarstar, mapkstarmapkpase, mapkstarstarmapkpase, mapkmekstarstar, mapkstarmekstarstar, d7, k7, d9, k9, a9) // Rate Rules: mekstarstar' = ((((k5 * mekstarmosstar - a6 * mekstarstar * ((mekpasetot - mekstarmekpase) - mekstarstarmekpase)) + d6 * mekstarstarmekpase) - a7 * mekstarstar * ((((((mapktot - mapkstar) - mapkstarstar) - mapkstarmapkpase) - mapkstarstarmapkpase) - mapkmekstarstar) - mapkstarmekstarstar)) + (d7 + k7) * mapkmekstarstar + (d9 + k9) * mapkstarmekstarstar) - a9 * mapkstar * mekstarstar; // Variable initializations: time_ = ; mekstarstar = 0; k5 = ; mekstarmosstar = ; a6 = ; mekpasetot = ; mekstarmekpase = ; d6 = ; mekstarstarmekpase = ; a7 = ; mapktot = ; mapkstar = ; mapkstarstar = ; mapkstarmapkpase = ; mapkstarstarmapkpase = ; mapkmekstarstar = ; mapkstarmekstarstar = ; d7 = ; k7 = ; d9 = ; k9 = ; a9 = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mekstarstarmekpase(time_, mekstarstarmekpase, a6, mekstarstar, mekpasetot, mekstarmekpase, d6, k6) // Rate Rules: mekstarstarmekpase' = a6 * mekstarstar * ((mekpasetot - mekstarmekpase) - mekstarstarmekpase) - (d6 + k6) * mekstarstarmekpase; // Variable initializations: time_ = ; mekstarstarmekpase = 0; a6 = ; mekstarstar = ; mekpasetot = ; mekstarmekpase = ; d6 = ; k6 = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mapk(time_, mapk, a7, mapktot, mapkstar, mapkstarstar, mapkstarmapkpase, mapkstarstarmapkpase, mapkmekstarstar, mapkstarmekstarstar, mekstarstar, d7, k8) // Rate Rules: mapk' = - a7 * ((((((mapktot - mapkstar) - mapkstarstar) - mapkstarmapkpase) - mapkstarstarmapkpase) - mapkmekstarstar) - mapkstarmekstarstar) * mekstarstar + d7 * mapkmekstarstar + k8 * mapkstarmapkpase; // Variable initializations: time_ = ; mapk = 1.2; a7 = ; mapktot = ; mapkstar = ; mapkstarstar = ; mapkstarmapkpase = ; mapkstarstarmapkpase = ; mapkmekstarstar = ; mapkstarmekstarstar = ; mekstarstar = ; d7 = ; k8 = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mapkmekstarstar(time_, mapkmekstarstar, mapktot, mapkstar, mapkstarstar, mapkstarmapkpase, mapkstarstarmapkpase, mapkstarmekstarstar, mekstarstar, d7, k7, a7) // Rate Rules: mapkmekstarstar' = a7 * ((((((mapktot - mapkstar) - mapkstarstar) - mapkstarmapkpase) - mapkstarstarmapkpase) - mapkmekstarstar) - mapkstarmekstarstar) * mekstarstar - (d7 + k7) * mapkmekstarstar; // Variable initializations: time_ = ; mapkmekstarstar = 0; mapktot = ; mapkstar = ; mapkstarstar = ; mapkstarmapkpase = ; mapkstarstarmapkpase = ; mapkstarmekstarstar = ; mekstarstar = ; d7 = ; k7 = ; a7 = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mapkstar(time_, mapkstar, k7, mapkmekstarstar, a8, mapkpasetot, mapkstarmapkpase, mapkstarstarmapkpase, d8, a9, mekstarstar, d9, mapkstarmekstarstar, k10) // Rate Rules: mapkstar' = (((k7 * mapkmekstarstar - a8 * mapkstar * ((mapkpasetot - mapkstarmapkpase) - mapkstarstarmapkpase)) + d8 * mapkstarmapkpase) - a9 * mapkstar * mekstarstar) + d9 * mapkstarmekstarstar + k10 * mapkstarstarmapkpase; // Variable initializations: time_ = ; mapkstar = 0; k7 = ; mapkmekstarstar = ; a8 = ; mapkpasetot = ; mapkstarmapkpase = ; mapkstarstarmapkpase = ; d8 = ; a9 = ; mekstarstar = ; d9 = ; mapkstarmekstarstar = ; k10 = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mapkstarmekstarstar(time_, mapkstarmekstarstar, a9, d9, k9, mapkstar, mekstarstar) // Rate Rules: mapkstarmekstarstar' = a9 * mapkstar * mekstarstar - (d9 + k9) * mapkstarmekstarstar; // Variable initializations: time_ = ; mapkstarmekstarstar = 0; a9 = ; d9 = ; k9 = ; mapkstar = ; mekstarstar = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mapkstarstar(time_, mapkstarstar, a10, mapkpasetot, mapkstarmapkpase, mapkstarstarmapkpase, d10, k9, mapkstar, mekstarstar, mapkstarmekstarstar) // Rate Rules: mapkstarstar' = - a10 * mapkstarstar * ((mapkpasetot - mapkstarmapkpase) - mapkstarstarmapkpase) + d10 * mapkstarstarmapkpase + k9 * mapkstarmekstarstar; // Variable initializations: time_ = ; mapkstarstar = 0; a10 = ; mapkpasetot = ; mapkstarmapkpase = ; mapkstarstarmapkpase = ; d10 = ; k9 = ; mapkstar = ; mekstarstar = ; mapkstarmekstarstar = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mapkstarmapkpase(time_, mapkstarmapkpase, a8, mapkstar, mapkpasetot, mapkstarstarmapkpase, d8, k8) // Rate Rules: mapkstarmapkpase' = a8 * mapkstar * ((mapkpasetot - mapkstarmapkpase) - mapkstarstarmapkpase) - (d8 + k8) * mapkstarmapkpase; // Variable initializations: time_ = ; mapkstarmapkpase = 0; a8 = ; mapkstar = ; mapkpasetot = ; mapkstarstarmapkpase = ; d8 = ; k8 = ; end model huang_ferrell_1996_version03__mapkstarstarmapkpase(time_, mapkstarstarmapkpase, a10, mapkstarstar, mapkpasetot, mapkstarmapkpase, d10, k10) // Rate Rules: mapkstarstarmapkpase' = a10 * mapkstarstar * ((mapkpasetot - mapkstarmapkpase) - mapkstarstarmapkpase) - (d10 + k10) * mapkstarstarmapkpase; // Variable initializations: time_ = ; mapkstarstarmapkpase = 0; a10 = ; mapkstarstar = ; mapkpasetot = ; mapkstarmapkpase = ; d10 = ; k10 = ; end model *huang_ferrell_1996_version03____main() // Sub-modules, and any changes to those submodules: environment: huang_ferrell_1996_version03__environment(time_); total_concs: huang_ferrell_1996_version03__total_concs(mostot, e1tot, e2tot, mektot, mekpasetot, mapktot, mapkpasetot); rate_constants: huang_ferrell_1996_version03__rate_constants(a1, a2, a3, a4, a5, a6, a7, a8, a9, a10, d1, d2, d3, d4, d5, d6, d7, d8, d9, d10, k1, k2, k3, k4, k5, k6, k7, k8, k9, k10); mos: huang_ferrell_1996_version03__mos(time_, mos0, mostot, a1, mosstar0, mose10, mosstare20, mekstarmosstar0, e1tot, d1, k2, mekmosstar0); mose1: huang_ferrell_1996_version03__mose1(time_, mose10, a1, mostot, mosstar0, mosstare20, mekmosstar0, mekstarmosstar0, e1tot, d1, k1); mosstar: huang_ferrell_1996_version03__mosstar(time_, mosstar0, a2, e2tot, mosstare20, d2, k1, mose10, k3, d3, mekmosstar0, a3, mektot, mekstar0, mekstarstar0, mekstarmekpase0, mekstarstarmekpase0, mekstarmosstar0, mapkmekstarstar0, mapkstarmekstarstar0, k5, d5, a5); mosstare2: huang_ferrell_1996_version03__mosstare2(time_, mosstare20, a2, mosstar0, e2tot, d2, k2); mek: huang_ferrell_1996_version03__mek(time_, mek0, a3, mektot, mekstar0, mekstarstar0, mapkstarmekstarstar0, mekstarstarmekpase0, mekmosstar0, mekstarmosstar0, mapkmekstarstar0, mosstar0, d3, k4, mekstarmekpase0); mekmosstar: huang_ferrell_1996_version03__mekmosstar(time_, mekmosstar0, a3, mektot, mekstar0, mekstarstar0, mekstarmekpase0, mekstarstarmekpase0, mekstarmosstar0, mapkmekstarstar0, mapkstarmekstarstar0, mosstar0, d3, k3); mekstar: huang_ferrell_1996_version03__mekstar(time_, mekstar0, a4, mekpasetot, mekstarmekpase0, mekstarstarmekpase0, d4, k3, mekmosstar0, k6, d5, mekstarmosstar0, a5, mosstar0); mekstarmekpase: huang_ferrell_1996_version03__mekstarmekpase(mekstarmekpase0, time_, a4, d4, k4, mekstar0, mekpasetot, mekstarstarmekpase0); mekstarmosstar: huang_ferrell_1996_version03__mekstarmosstar(time_, mekstarmosstar0, a5, d5, k5, mekstar0, mosstar0); mekstarstar: huang_ferrell_1996_version03__mekstarstar(time_, mekstarstar0, k5, mekstarmosstar0, a6, mekpasetot, mekstarmekpase0, d6, mekstarstarmekpase0, a7, mapktot, mapkstar0, mapkstarstar0, mapkstarmapkpase0, mapkstarstarmapkpase0, mapkmekstarstar0, mapkstarmekstarstar0, d7, k7, d9, k9, a9); mekstarstarmekpase: huang_ferrell_1996_version03__mekstarstarmekpase(time_, mekstarstarmekpase0, a6, mekstarstar0, mekpasetot, mekstarmekpase0, d6, k6); mapk: huang_ferrell_1996_version03__mapk(time_, mapk0, a7, mapktot, mapkstar0, mapkstarstar0, mapkstarmapkpase0, mapkstarstarmapkpase0, mapkmekstarstar0, mapkstarmekstarstar0, mekstarstar0, d7, k8); mapkmekstarstar: huang_ferrell_1996_version03__mapkmekstarstar(time_, mapkmekstarstar0, mapktot, mapkstar0, mapkstarstar0, mapkstarmapkpase0, mapkstarstarmapkpase0, mapkstarmekstarstar0, mekstarstar0, d7, k7, a7); mapkstar: huang_ferrell_1996_version03__mapkstar(time_, mapkstar0, k7, mapkmekstarstar0, a8, mapkpasetot, mapkstarmapkpase0, mapkstarstarmapkpase0, d8, a9, mekstarstar0, d9, mapkstarmekstarstar0, k10); mapkstarmekstarstar: huang_ferrell_1996_version03__mapkstarmekstarstar(time_, mapkstarmekstarstar0, a9, d9, k9, mapkstar0, mekstarstar0); mapkstarstar: huang_ferrell_1996_version03__mapkstarstar(time_, mapkstarstar0, a10, mapkpasetot, mapkstarmapkpase0, mapkstarstarmapkpase0, d10, k9, mapkstar0, mekstarstar0, mapkstarmekstarstar0); mapkstarmapkpase: huang_ferrell_1996_version03__mapkstarmapkpase(time_, mapkstarmapkpase0, a8, mapkstar0, mapkpasetot, mapkstarstarmapkpase0, d8, k8); mapkstarstarmapkpase: huang_ferrell_1996_version03__mapkstarstarmapkpase(time_, mapkstarstarmapkpase0, a10, mapkstarstar0, mapkpasetot, mapkstarmapkpase0, d10, k10); end